Tutte le vasche dell'Acquario di Cala Gonone sono dotate di sistemi autonomi di trattamento dell'acqua (Life Support System - LSS), in grado si garantire differenti caratteristiche chimico fisiche a seconda delle esigenze degli organismi ospitati. In particolare, ogni circuito è dotato di pompa di circolazione, filtro meccanico a pressione caricato con vetro granulare (materiale ecocompatibile ottenuto dal riciclo del vetro), debatterizzatore a raggi ultravioletti, filtro biologico, schiumatoio di proteine, sonda di temperatura e di livello, scambiatore di calore, PLC di controllo e sistema di allarme. La grande vasca pelagica, la vasca di scogliera e quella delle murene sono poi supportate da un sistema di disinfezione mediante gas ozono, tecnologia ormai consolidata nel settore acquariologico che permette di tenere sotto controllo sia alcuni parametri chimico-fisici che biologici, come la carica batterica e protozoaria. Queste dotazioni tecniche permettono di ricircolare l'acqua dei sistemi per lunghissimi periodi, garantendo quindi una completa e prolungata autonomia dell'Acquario dal mare.